Né le 15 août 1972 à Berkeley (Californie), Affleck fait ses études à Harvard où il rencontre Matt Damon, qui deviendra son meilleur ami et, plus tard, son précieux collaborateur.

Il n'a pas encore vingt ans lorsqu'il trouve son premier emploi dans "LA DIFFERENCE", film traitant de l'antisémitisme dans les grands collèges américains. Il y passe relativement inaperçu aux côtés de Damon et d'acteurs sur le point de connaître la célébrité (Chris O'Donnell, Brendan Fraser). La même année, il apparaît, non crédité, en joueur de basket-ball dans la série télévisée "BUFFY CONTRE LES VAMPIRES".

En 1993, Richard Linklater l'engage pour "GÉNÉRATION REBELLE". À la même époque, il fait la connaissance d'une autre figure marquante du cinéma indépendant américain, Kevin Smith, dont le premier film, "CLERKS", a fait forte impression. Sous sa direction, il tourne successivement "MALLRATS" (sur une bande de jeunes désoeuvrés fréquentant un centre commercial), "MÉPRISE MULTIPLE" (dans le rôle d'un auteur de bandes dessinées amoureux d'une jeune fille beaucoup plus délurée que lui) et "DOGMA".

Dans l'intervalle, il réussit, en tant que co-scénariste, le film "GOOD WILL HUNTING", l'histoire d'un jeune homme surdoué mais tourmenté qui finit par trouver sa voie avec l'aide d'un psychologue (Robin Williams).

Il est le partenaire de Bruce Willis dans "ARMAGEDDON" et de Sandra Bullock dans la comédie débridée "UN VENT DE FOLIE". Il est tête d'affiche dans le film policier de John Frankenheimer "PIÈGE FATAL". Cependant, le cadre convenant le mieux à sa personnalité discrète et réservée est une oeuvre au sujet original et d'esprit indépendant, mais réalisée avec assez de moyens et de soin pour plaire au grand public.

C'est le cas de "SHAKESPEARE IN LOVE", le succès inattendu de 1998, où il joue Ned Alleyn, un comédien du temps de Shakespeare qui se voit dépossédé du rôle de Roméo par une Gwyneth Paltrow travestie en jeune homme.