Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d'April O'Neil, Vern Fenwick et d'un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones...
La ville a besoin de héros. New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens...
Depuis des années, des ovnis ont pu être aperçus un peu partout dans le monde. Mais en 2011, ce qui n'avait été jusque-là que de fugaces apparitions prend tout à coup un terrible sens : la Terre est attaquée par des forces inconnues surgies de l'espace...