Dans les eaux cristallines de la Grande Barrière de corail, Marin, un poisson-clown, mène une existence paisible avec son fils unique, Nemo. Malgré les conseils et la surveillance de son père, la curiosité du jeune poisson intrépide le pousse à s’approcher d’un bateau… près duquel un plongeur le capture sous les yeux horrifiés de son père. Pour retrouver son fils, Marin va malgré lui devenir le héros d’une quête unique et palpitante. Aidé par la jolie Dory, un poisson-chirurgien bleu à la mémoire défaillante, Marin va braver tous les dangers qui le séparent de Nemo…