Frankie Paige (Patricia Arquette) ne croit pas en Dieu. Elle se voit pourtant contrainte de revoir son opinion quand, de manière inexplicable, son corps laisse apparaître les blessures de Jésus sur la croix : les stigmates. L'étrange phénomène attire l'attention d'un prêtre - Kiernan (Gabriel Byrne) qui en réfère a son cardinal (Jonathan Pryce). Quand ce dernier découvre que Frankie ne mène pas une vie authentiquement pieuse, il se montre déterminé à la réduire définitivement au silence. Kiernan n'a d'autres alternative que de trahir son supérieur et sa foi afin de protéger Frankie et le message qu'elle porte en elle.