Missions croisées raconte l'histoire de Kang-mu, ancien agent secret, qui mène une vie tranquille d'homme au foyer en cachant son passé à sa femme. Son épouse, Mi-seon, est une officière chevronnée et reconnue pour ses exploits au sein de la brigade criminelle. Lorsque Kang-mu reprend malgré lui du service pour aider une ancienne collègue, Hee-ju, à retrouver son mari disparu, Mi-seon se méprend sur la situation et y voit la preuve d'une infidélité, déclenchant une série de malentendus et d'aventures à hauts risques.