The Master se déroule après la Seconde Guerre mondiale. Marqué par les horreurs de cette guerre, l'intellectuel Lancaster Dodd (Hoffman) fonde un groupe spirituel avec, pour bras droit, l'ancien vétéran Freddie Sutton (Phoenix). Mais alors que l'organisation gagne en popularité autour de son gourou, Sutton commence à avoir des doutes sur celle-ci et les pensées de son «maître».