L'histoire se déroule dans un monde parallèle où les âmes des êtres humains se manifestent sous la forme de petits animaux, où des ours parlent et se battent et où les enfants disparaissent mystérieusement. Au cœur de l'histoire se trouve une jeune fille de 12 ans, Lyra, qui décide de partir à la recherche de son meilleur ami disparu, Roger, et dont l'aventure se transforme en quête extraordinaire pour sauver son monde.