Le film commence à l’issue d’une bataille épique qui a ravagé une grande ville mais a sauvé le monde. Alors que l’humanité tente de reprendre le dessus et qu’un groupuscule tente de modifier le cours de l’histoire, une nouvelle menace, plus ancienne et terrifiante encore, plane sur la Terre. Avec l’aide d’humains, Optimus Prime et les Autobots vont tenter de faire face à ce terrible péril et être entraînés dans une lutte entre le bien et le mal, qui va engager le monde entier.