Le film prend place 13 ans après le premier, avec toujours le capitaine Nacimento en narrateur. Il nous montre la croissance de la BOPE, le groupe d'intervention d'élite de la police militaire de Rio de Janeiro, et l'évolution des conflits entre la police et les gangs des favélas de Rio. Nacimento est maintenant à la tête du BOPE. Après une opération désastreuse dans une prison, il se retrouve au milieu d'un engrenage comprenant des membres du Département de la Sûreté publique, le Gouverneur d'Etat ainsi que des groupes paramilitaires