Afin de détruire la sinistre organisation connue sous le nom du Cartel, Michael Scofield (Wentworth Miller) et son frère Lincoln (Dominic Purcell) doivent échapper à un assassin sanguinaire et révéler le secret mortel qui se cache derrière le mystérieux Scylla. Des vies sont brisées et la tension monte jusqu'à l'étonnant dénouement où Michael et Lincoln luttent pour rester en vie et enfin arrêter de courir - pour de bon.