Il y a trente ans, des extraterrestres entrèrent en contact avec la Terre... Les humains avaient tout imaginé, sauf ce qui se produisit. Les extraterrestres n'étaient venus ni nous attaquer, ni nous offrir un savoir supérieur. Ces visiteurs d'au-delà des étoiles étaient des réfugiés, les derniers survivants de leur monde. Ils furent temporairement installés dans le District 9, en Afrique du Sud, pendant que les nations du monde se querellaient pour savoir quoi en faire... Depuis, la gestion de la situation a été transférée à la MNU (Multi-National United), une société privée qui n'a pas grand-chose à faire du sort de ces créatures, mais qui fera d'énormes bénéfices si elle arrive à faire fonctionner leur extraordinaire armement. Jusqu'à présent, toutes les tentatives ont échoué : pour que les armes marchent, il faut de l'ADN extraterrestre. La tension entre extraterrestres et humains atteint son maximum lorsqu'un agent de terrain du MNU, Wikus van der Merwe (Sharlto Copley), contracte un mystérieux virus qui se met à modifier son ADN. Wikus est à présent l'homme le plus recherché de la planète, celui qui vaut plus qu'une fortune : il est la clé qui permettra de percer le secret de la technologie alien.